También el colegio de la Compañía de Jesús quiso honrar la memoria de su fundador con solemne función religiosa. Fijaron los jesuitas a tal fin la fecha del viernes diez de mayo, “el 9 a medio dia dio avifo al comun en melancolicos dobles el Colegio, a cuyos lamentables clamores hicieron eco todas las hermosas Campanas de efta Ilustre Parroquia, de los Conventos Religiosos, y demás Iglesias de efte pueblo”.
Como quiera que la capacidad de la capilla del colegio –actual capilla del Colegio de Nuestra Señora del Rosario- resultaba pequeña para la solemnidad deseada pues “quedarían ahogados los lucimientos de una función tan memorable”, los rectores del Colegio de San Luis Gonzaga solicitaron de los Padres Mínimos del Convento de la Victoria la cesión de su templo, donde finalmente tuvieron lugar las exequias.
Ante presbiterio del templo se levantó un suntuoso túmulo funerario de tres cuerpos sobre el que se colocó la tumba en la que “fe extendia una Cafulla, dexando proporcionado lugar, para que decorosamente se colocaffe en el fitio fuperior una Mitra, y pendiente en el inferior un capelo”. Doce “hacheros” colocados en el suelo rodeaban el monumento funerario que se iluminaba con setenta y dos candelabros más, y para cuya decoración se confeccionaron inscripciones sepulcrales y “Vivas oportunifsimas Poesías” que glosaban la vida y virtudes del Cardenal difunto.