Tras la toma de Orihuela y en tanto la contienda no permitiera la restitución de las instituciones valencianas, Felipe V creará en aquella ciudad una Audiencia para el gobierno de la región, cuya presidencia recaerá en la persona del Obispo de Cartagena que será nombrado Virrey y Capitán General de Valencia el 10 de octubre de 1706.
La definitiva Batalla de Almansa, en la que no participó Belluga, supuso el comienzo de la conquista de Valencia y el repliegue catalán de las tropas del Archiduque Carlos. Belluga desde su cargo de Virrey en la retaguardia se encargó de alentar la causa borbónica, procurar hombres, armas y víveres al ejército así como mantener los hospitales y albergues para heridos y mutilados. Pero también en su condición de Obispo, hubo de enfrentarse a los desordenes y abusos que los propios soldados provocaban en las ciudades tomadas, saliendo en defensa de los ciudadanos e invocando la clemencia real sobre muchas de ellas.
Aunque Belluga solicitó reiteradamente al rey su relevo al frente de los cargos valencianos, éstos fueron mantenidos durante varios años, y aún después de producido éste, conservó el de Presidente de la Junta de Defensa de Murcia hasta 1711, cuando incorporado íntegramente a sus funcione de Obispo, rechazó la sede Zaragozana así como todos los honores y recompensas que por su actuación le fueron ofrecidos.
